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Materiali di approfondimento Risorse Web Il Podcast di questa lezione

Vincenzo De Simone » 3.Analisi del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA


I Potenti Mezzi della Postgenomica!


Profili di espressione genica mediante microarrays a DNA


Ibridazione competitiva e singola


Profili di espressione genica – I


Sintesi di oligonucleotidi “in situ” (DNA chips)


La tecnologia dei “printed arrays”


Analisi dei Dati – I livello (Quantizzazione)


Immagine di vetrini dopo l’ibridazione – I


Immagine di vetrini dopo l’ibridazione – II


Effetto grafico della normalizzazione


Analisi dei Dati – II livello (Filtraggio)


Scattering Plot e Fold-Change


Analisi dei dati e profili di espressione


La “distanza euclidea” di due geni


Distanza Euclidea Multidimensionale


Similarità di profili di espressione


Analisi dei Dati – III livello (Clustering)


Clustering gerarchico


Le “heatmap”


Clustering per classi di Gene Ontology (GO)


Directed Acyclic Graphs (DAG)


Ingenuity Pathway Analysis (IPA)


Ricerca di “Motivi” – I programmi MEME e MAST


Output Grafico di una Ricerca di Motivi “Arricchiti”


Il database di elementi di regolazione “Jaspar”


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