I Potenti Mezzi della Postgenomica!
Profili di espressione genica mediante microarrays a DNA
Ibridazione competitiva e singola
Profili di espressione genica – I
Sintesi di oligonucleotidi “in situ” (DNA chips)
La tecnologia dei “printed arrays”
Analisi dei Dati – I livello (Quantizzazione)
Immagine di vetrini dopo l’ibridazione – I
Immagine di vetrini dopo l’ibridazione – II
Effetto grafico della normalizzazione
Analisi dei Dati – II livello (Filtraggio)
Scattering Plot e Fold-Change
Analisi dei dati e profili di espressione
La “distanza euclidea” di due geni
Distanza Euclidea Multidimensionale
Similarità di profili di espressione
Analisi dei Dati – III livello (Clustering)
Clustering gerarchico
Le “heatmap”
Clustering per classi di Gene Ontology (GO)
Directed Acyclic Graphs (DAG)
Ingenuity Pathway Analysis (IPA)
Ricerca di “Motivi” – I programmi MEME e MAST
Output Grafico di una Ricerca di Motivi “Arricchiti”
Il database di elementi di regolazione “Jaspar”
Le lezioni del Corso
1. Sistemi di sequenziamento del DNA “high Throughput”
2. Tecniche di studio del “Panorama Cromosomico”
3. Analisi del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA
4. Un esempio di studio comparato del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA
5. Promotori modulari e recettori nucleari
6. Recettori di membrana e trasduzione del segnale
8. Meccanismi di controllo del ciclo cellulare e dell'apoptosi - II La morte cellulare programmata
10. Circuiti di regolazione genica nello sviluppo embrionale - II Geni omeotici e promotori modulari
11. Cellule Staminali, Differenziamento e Riprogrammazione cellulare
Il Podcast della lezione
Le altre lezioni del corso con podcast
1. Sistemi di sequenziamento del DNA “high Throughput”
2. Tecniche di studio del “Panorama Cromosomico”
3. Analisi del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA
4. Un esempio di studio comparato del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA
5. Promotori modulari e recettori nucleari
6. Recettori di membrana e trasduzione del segnale
8. Meccanismi di controllo del ciclo cellulare e dell'apoptosi - II La morte cellulare programmata
10. Circuiti di regolazione genica nello sviluppo embrionale - II Geni omeotici e promotori modulari
11. Cellule Staminali, Differenziamento e Riprogrammazione cellulare
12. Un esperimento di riprogrammazione della Cromatina
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