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Vincenzo De Simone » 1.Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici


I – Struttura ed Organizzazione degli Acidi Nucleici

I-A) Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici

Prof. Vincenzo De Simone

Dott.ssa Luisa De Magistris

Struttura degli Acidi Nucleici

  • I-A) Struttura, conformazioni e topologia degli acidi nucleici
  • I-B) Organizzazione della cromatina e compattamento del DNA
  • I-C) Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici:
    • (spettrofotometria, elettroforesi, Southern e Northern blotting)

Le basi azotate degli acidi nucleici


Un nucleotide


Le coppie A-T e G-C


Il legame fosfo-diesterico


Il modello di Watson e Crick


Le tre conformazioni del DNA


Le tre conformazioni del DNA


LA FORMA B


LA FORMA A


La forma “Z”


Caratteristiche delle 3 forme del DNA


Le dimensioni del DNA e quelle della cellula SONO COMPATIBILI?


Dimensioni del genoma nei vari Phila


Dimensioni dei genomi


La struttura interna del nucleo


Superavvolgimenti


Il numero di legame ( Lk )


Whriting e Twisting


Numero di legame


“Twisting” destrorso o sinistrorso


Due tipi di superavvolgimenti


Superavvolgimenti “plectonemici”


Superavvolgimenti toroidali


Superavvolgimenti e compattamento del DNA


Numero di legame e superavvolgimenti


Conformazione del DNA superavvolto

  • DNA B rilassato:
    • 34.6° tra una coppia e la successiva
    • 10.4 nucleotidi per giro
  • DNA superavvolto positivamente (+):
    • 40° tra una coppia e la successiva
    • 9 nucleotidi per giro
  • DNA superavvolto negativamente (-):
    • 33° tra una coppia e la successiva
    • 11 nucleotidi per giro

Separazione di frammenti di DNA per elettroforesi su gel


Genomi circolari superavvolti


Denaturazione locale e strutture cruciformi


SEQUENZE SIMMETRICHE E PALINDROMICHE


STRUTTURE A “FORCINA” E “CRUCIFORMI”


Superavvolgimenti – II


Superavvolgimenti e “svolgimento” del DNA


Definizione di “topoisomeri”


Le topoisomerasi di classe


Le topoisomerasi di classe


Le topoisomerasi di classe


I materiali di supporto della lezione

Alberts B & al., Biologia Molecolare della Cellula (essenziale), Zanichelli, Cap. 6.

Brown TA, Genomi II, EdiSES, Cap. 1.

Brown TA, Biotecnologia, EdiSES.

Lewin B., Il Gene (ed. compatta), Zanichelli, Cap. 1.

Watson JD & al., Biologia Molecolare del Gene, Zanichelli, Cap. 6.

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