IV-C) I saggi EMSA e DNAse I footprinting
Prof. Vincenzo De Simone
Dott.ssa Luisa De Magistris
Purificazione per cromatografia di proteine che legano specifiche sequenze di DNA
Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
Un esempio di saggio EMSA (luglio 2007)
Analisi di frazioni proteiche con saggio EMSA
Il FOOTPRINT (impronta) con DNasi I
Footprint del promotore lac
Analisi di frazioni proteiche per “footprint”
Saggio di “methyl-protection”
Saggio di “methyl-protection”
Saggio di “methyl-interference”
Gel di acrilamide
Il filmato illustra la preparazione di un gel di poliacrilamide, prima tappa per la realizzazione degli esperimenti di EMSA e di footprint.
Le lezioni del Corso
Argomenti ed organizzazione del corso di Biologia Molecolare in formato e-learning
1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
I materiali di supporto della lezione
Alberts B & al. Biol. Mol. della Cellula (essenziale), Zanichelli
Brown TA, Genomi II, EdiSES, Cap. 9
Brown TA, Biotecnologie Molecolari, Zanichelli, Cap. 11
Lewin B Il Gene VIII, Zanichelli. p.270
Lewin B Il Gene (ed. compatta) Zanichelli
Watson JD & al., Biologia Molecolare del Gene, Zanichelli, p.474-5
Il Podcast della lezione
Le altre lezioni del corso con podcast
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1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
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