IV-A) Struttura e funzionamento dell’RNA polimerasi batterica
Prof. Vincenzo De Simone
Dott.ssa Luisa De Magistris
IV – La Trascrizione nei Procarioti
Filamento codificante e filamento stampo
Definizione di unità trascrizionale
Subunità della RNA polimerasi di E.coli
Modello a “chela di granchio” dell’RNA polimerasi
Promotori procariotici
Le sequenze “consenso” a -35 e -10
Interazioni tra il promotore e -70
La regione N-terminale del fattore sigma
Interazioni tra il promotore e l’oloenzima
Punti di contatto dell’RNA polimerasi
L’elica 2.4 di sigma lega la sequenza -10
Come sigma si dispone nella “chela”
Le tappe della trascrizione
Tappe dell’inizio della trascrizione
Formazione del complesso chiuso
Cinetica di formazione del complesso d’inizio
Associazione e dissociazione di sigma e del nucleo enzimatico
Trascrizione e superavvolgimenti del DNA
Bolla di trascrizione e struttura dell’RNA polimerasi
Meccanismi di “Proofreading” dell’RNA polimerasi
Riattivazione dell’RNA polimerasi in stallo
Il terminatore intrinseco
Legame di rho sul sito rut
Terminazione rho-dipendente
Le lezioni del Corso
Argomenti ed organizzazione del corso di Biologia Molecolare in formato e-learning
1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
I materiali di supporto della lezione
Alberts B & al. Biol. Mol. della Cellula (essenziale), Zanichelli, Cap. 7
Brown TA, Genomi II, EdiSES, Cap. 9
Brown TA, Biotecnologie Molecolari, EdiSES
Lewin B, Il Gene VIII, Zanichelli, Cap. 9
Lewin B, Il Gene (ed.compatta), Zanichelli, Cap. 11
Watson JD & al., Biologia Molecolare del Gene, Zanichelli, Cap. 12
Il Podcast della lezione
Le altre lezioni del corso con podcast
Argomenti ed organizzazione del corso di Biologia Molecolare in formato e-learning
1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
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