I-C) Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici: (spettrofotometria, elettroforesi, Southern blotting)
Prof. Vincenzo De Simone
Dott.ssa Luisa De Magistris
Il filmato mostra la determinazione della concentrazione di un campione di DNA effettuata mediante lettura dell’assorbimento a 260 nm con uno spettrofotometro.
Il filmato mostra la preparazione di un gel di agarosio per la separazione elettroforetica di frammenti di DNA generati mediante PCR o digestione con enzimi di restrizione. 1.2 grammi di agarosio sono sciolti al calore in 100 ml di soluzione tampone per elettroforesi TAE (Tris/Acetato/EDTA).
Alla soluzione tiepida è aggiunto il bromuro d’etidio, ed il gel ancora liquido è versato in uno “stampo” orizzontale nel quale, su uno dei lati, un “pettine” verticale formerà una serie di piccole cavità (pozzetti).
Il campione di DNA da analizzare, sciolto in una soluzione di “caricamento” contenente glicerolo e due diversi coloranti, è depositato nei pozzetti del gel, a sua volta immerso nel tampone di corsa in una vaschetta per elettroforesi orizzontale.
L’andamento della separazione elettroforetica è evidenziato dalla migrazione dei due coloranti verso il polo positivo.
E’ illustrata la procedura per la purificazione di un frammento di DNA separato mediante elettroforesi.
E’ illustrata la procedura del Southern blotting per il trasferimento di frammenti di DNA separati mediante elettroforesi su gel di agarosio ad un filtro di nitrocellulosa.
Il filmato illustra la procedura di estrazione di DNA plasmidico da colture di E. coli. Il “protocollo” dettagliato è riportato nelle due diapositive seguenti.
Argomenti ed organizzazione del corso di Biologia Molecolare in formato e-learning
1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
Alberts B & al., Biologia Molecolare della Cellula (essenziale), Zanichelli, Cap. 10.
Brown TA, Genomi II, EdiSES, Cap. 2 (parte).
Brown TA, Biotecnologie Molecolari, Zanichelli, Cap. 3 (parte).
Lewin B., Il Gene (ed. compatta), Zanichelli, Cap. 20.
Watson JD & al., Biologia Molecolare del Gene, Zanichelli, Cap. 20.
Argomenti ed organizzazione del corso di Biologia Molecolare in formato e-learning
1. Composizione chimica e conformazioni degli acidi nucleici
2. Organizzazione della cromatina eucariotica
3. Metodiche di estrazione e di analisi degli acidi nucleici
4. Componenti e funzionamento della forca di replicazione
5. Controllo dell'inizio e della terminazione della replicazione
7. Ricombinazione e Riparo del DNA
8. Ricombinazione sito-specifica e trasposoni
9. Costruzione di molecole ricombinanti in vitro
10. Struttura e funzionamento dell'RNA polimerasi batterica
11. Regolazione della trascrizione nei procarioti
12. I saggi EMSA e DNAse I footprinting
13. Le tre RNA polimerasi eucariotiche ed i relativi promotori
14. Regolazione della trascrizione negli eucarioti
15. Studio dei promotori e delle unità trascrizionali eucariotiche
16. RNA catalitici e maturazione degli RNA eucariotici
17. Ribozimi ed RNA interference
18. Applicazioni pratiche dei ribozimi e dell'RNA interference
19. Le tappe della sintesi delle proteine in procarioti ed eucarioti
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