Vai alla Home Page About me Courseware Federica Living Library Federica Virtual Campus 3D Le Miniguide all'orientamento Gli eBook di Federica
 
 
Il Corso Le lezioni del Corso La Cattedra
 
Materiali di approfondimento Risorse Web Il Podcast di questa lezione

Vincenzo De Simone » 4.Un esempio di studio comparato del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA


Iperlipidemia Combinata Familiare

FCHL (Familial Combined HyperLipidemia):
Malattia Genetica Multigenica Dominante (?)
causata da (??):

  • mutazioni che influenzano l’assemblaggio delle VLDL;
  • mutazioni che influenzano la secrezione delle VLDL;
  • mutazioni che influenzano la lipolisi;
  • mutazioni che influenzano la rimozione delle lipoproteine.

Farmaco di elezione: STATINE (molti effetti collaterali)

Ibridazione competitiva o singola?


Due esperimenti con pazienti FCHL


Validazione dei Risultati Mediante RT-qPCR


Analisi Bioinformatica dei Dati di III livello

Gene Ontology Analysis

  • Gene Clustering basato sulla classificazione per Gene Ontology.
  • Abbiamo utilizzato i softwares GeneSpring GO tool and  GOrilla.

Network Analysis 

  • Gene Clustering basato sulla posizione dei geni in reti regolative.
  • Abbiamo utilizzato il software IPA (Ingenuity Pathway Analysis).

Motif Analysis

  • Gene Clustering basato sulla ricerca di presunte sequenze regolative.
  • Abbiamo usato i software MEME e MAST, e i DB Jaspar e TransFac.

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – I


Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – II


Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – III


Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – IV


Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 7 vs 7


Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5


Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 2


Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 3


Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 4


Patologie associate alla lista di geni dell’exp 10vs5


Output di MEME per i geni del metabolismo dell’ATP – I


Output di MEME per i geni del metabolismo dell’ATP – II


Output di MEME per i geni dell’intersezione – I


Output di MEME per i geni dell’intersezione – II


Rete regolativa basata sui motivi dell’intersezione


Dal computer al banco: sintesi di oligonucleotidi


Saggio EMSA con il Motivo 1


Clonaggio dei “motivi” in un vettore d’espressione


Saggio di espressione transiente – I


Saggio di espressione transiente – II


Mutagenesi del Motivo A1


Saggio di espressione transiente – III


  • Contenuti protetti da Creative Commons
  • Feed RSS
  • Condividi su FriendFeed
  • Condividi su Facebook
  • Segnala su Twitter
  • Condividi su LinkedIn
Progetto "Campus Virtuale" dell'Università degli Studi di Napoli Federico II, realizzato con il cofinanziamento dell'Unione europea. Asse V - Società dell'informazione - Obiettivo Operativo 5.1 e-Government ed e-Inclusion