Vincenzo De Simone » 4.Un esempio di studio comparato del Trascrittoma mediante Microarrays a DNA

Iperlipidemia Combinata Familiare

FCHL (Familial Combined HyperLipidemia):
Malattia Genetica Multigenica Dominante (?)
causata da (??):

• mutazioni che influenzano l’assemblaggio delle VLDL;
• mutazioni che influenzano la secrezione delle VLDL;
• mutazioni che influenzano la lipolisi;
• mutazioni che influenzano la rimozione delle lipoproteine.

Farmaco di elezione: STATINE (molti effetti collaterali)

Ibridazione competitiva o singola?

Due esperimenti con pazienti FCHL

Validazione dei Risultati Mediante RT-qPCR

Analisi Bioinformatica dei Dati di III livello

Gene Ontology Analysis

• Gene Clustering basato sulla classificazione per Gene Ontology.
• Abbiamo utilizzato i softwares GeneSpring GO tool and  GOrilla.

Network Analysis 

• Gene Clustering basato sulla posizione dei geni in reti regolative.
• Abbiamo utilizzato il software IPA (Ingenuity Pathway Analysis).

Motif Analysis

• Gene Clustering basato sulla ricerca di presunte sequenze regolative.
• Abbiamo usato i software MEME e MAST, e i DB Jaspar e TransFac.

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – I

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – II

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – III

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 10 vs 5 – IV

Analisi di Gene Ontology dell’esperimento 7 vs 7

Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5

Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 2

Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 3

Reti Metaboliche associate ai geni dell’exp. 10vs5 – 4

Patologie associate alla lista di geni dell’exp 10vs5

Output di MEME per i geni del metabolismo dell’ATP – I

Output di MEME per i geni del metabolismo dell’ATP – II

Output di MEME per i geni dell’intersezione – I

Output di MEME per i geni dell’intersezione – II

Rete regolativa basata sui motivi dell’intersezione

Dal computer al banco: sintesi di oligonucleotidi

Saggio EMSA con il Motivo 1

Clonaggio dei “motivi” in un vettore d’espressione

Saggio di espressione transiente – I

Saggio di espressione transiente – II

Mutagenesi del Motivo A1

Saggio di espressione transiente – III